■清算单位：
以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算；分期开发的，以分期项目为单位清算。
■清算条件
1、纳税人应进行的清算：
①房地产项目全部竣工，完成销售的；
②整体转让未竣工决算房地产开发项目的；
③直接转让土地使用权的。
符合上述条件之一的纳税人，须在满足清算条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续。
2、主管税务机关要求的：
①已峻工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售面积的85%以上，或未超过85%，但剩余的可售面积已出租或自用；（或视同销售）
②取得销售（预售）许可证满3年仍未销售完毕的；
③纳税人申请注销税务登记但未办理清算手续的；
④省税务机关确定的其他情况。
符合上述条件之一的纳税人，须在主管税务机关限定的期限内办理清算手续。
清算应报送的资料：
1、书面申请、申报表
2、竣工决算报表、地价款凭证、土地使用权出让（或转让）合同、利息结算通知单、商品房购销合同统计表、项目工程合同结算单等及收入、费用资料
3、委托中介审核的，应报送《土地增值税清算税款鉴证报告》
4、税务机关要求的其它资料。
■非直接销售和自用房产的收入确定
1、房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产，其收入按下列方法和顺序确认：（对外投资时视同销售，暂免征税，也不能列入）
①按本企业在同一地区，同一年度销售的同类房地产的平均价格
②由税务机关参照同类房地产的市场价格或评估价值
2、房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时,如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。
■扣除项目
1、扣除取得土地使用权所支付的金额、开发成本、费用及转让房地产的有关税金，须提供合法有效的凭证，否则不能扣除
2、办理土地增值税清算附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证或资料不符合清算要求或不实，地方税务机关可参照当地建设工程造价管理部门公布的建安造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，据以计算扣除。具体核定方法由省税务机关确定。
3、开发建造的与清算配套的公共设施：
①建成后，产权属于全体业主的，其成本、费用可扣除；
②无偿移交政府、公共事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可扣除；
③建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用；
4、销售已装修的房屋，其装修费用可计入开发成本；
5、预提费用，除另有规定外，不能扣除
6、注意多项目之间的分摊与配比
■核定征收
纳税人在清算前取得收入的，可预征。
按不低于预征率的征收率核定征收。

核定征收的情形：
1、依照法律，行政法规应设置但未设置帐簿的；
2、擅自销毁帐簿或拒不提供纳税资料的；
3、虽设帐簿，但帐簿混乱或凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的
4、符合清算条件，未按照规定的期限办理清算。经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的；
5、申报的计税依据明显偏低，且无正当理由的。

清算后再有偿转让的：
扣除项目金额=清算时单位建筑面积成本、费用×销售或转让面积
单位建筑面积成本、费用=清算时扣除项目的总金额÷清算时总建筑面积

■备注
属2008年新增内容

另外评估价格是经政府批准设立的评估机构进行评估，评估价格必须经主管税务机关确认