在我国，增值税实行的是税款抵扣制度，按《增值税暂行条例》规定，一般纳税企业当期应纳的增值税为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。在会计实务上，当期可以抵扣的进项税额在“应交税费——应交增值税（进项税额）”账户反映。但在实际中，已购进货物（已入账）进项税额有些不能从当期销项税额中抵扣，应将其从“应交税费——应交增值税（进项税额）”账户中转出，在“应交税费——应交增值税（进项税额转出）”账户反映。由于不能抵扣的进项税额的发生情况不同，在会计上的处理也就不同。
介绍几种增值税不能抵扣税款的会计处理方法：
一、货物在购进或储存中发生的非正常损失，其进项税额的会计处理
非正常财产损失是指企业在生产经营过程中正常损耗外的损失，包括：（1）自然灾害损失；（2）因管理不善造成货物被盗窃，发生霉烂变质等损失；（3）其他非正常损失。
按税法规定，非正常损失部分货物的进项税额不得从销项税额中抵扣，在会计处理上，应作转出处理。一般的做法是：
借：待处理财产损溢
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）
待查明原因后，将“待处理财产损溢”账户的金额转入“营业外支出——非常损失”等账户。
例：某商业批发企业在财产清查中，发现短少商品10万元（无税成本），转入“待处理财产损溢”账户待决。经查明，该批商品为仓库保管员保管不善丢失。责成仓库保管员赔偿1万元，保险公司赔偿1万元，非常损失9.7万元。经有关单位批准处理，会计分录如下：
（1）待转处理时：
借：待处理财产损益 11.7
贷：库存商品 10
应交税费——应交增值税（进项税额转出） 1.7
（2）收回保险公司和过失人赔款时：
借：银行存款（或现金） 2
贷：待处理财产损益 2
（3）处理非常损失时；
借：营业外支出——非常损失 9.7
贷：待处理财产损溢 9.7
二、商品削价损失进项税额的会计处理
商品削价是指商品因市场行情变化，季节变化或商品本身质量、性能的自然变化等原因，而对其实行的减价销售。有些商品在削价后，售价低于原进价，形成削价损失。这样就会出现削价商品收取的销项税额不足以抵补购进该商品进项税额的部分。
根据税法规定，其不足以抵补的进项税额不能以其他销售商品收取的销项税额抵扣，其税额应转出。其会计处理为：
借：管理费用
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）
例：某商品零售企业（采用进价金额核算）购进商品一批，其不含税进价为8000元，进项税额1360元，当即以存款支付。商品购进不久，因市场行情变化，该批商品全部削价，以7000元售出，另收取销项税额1190元，款已存入银行（该企业未设“商品采购”账户）。会计分录为：
（1）购进商品时
借：库存商品 8000
应交税费——应交增值税（进项税额）1360
贷：银行存款 9360
（2）以7000元售出时
借：银行存款 8190
贷：主营业务收入 7000
应交税费-应交增值税（销项税额） 1190
（3）结转主营业务成本
借：主营业务成本 8000
贷：库存商品 8000
（4）转出不能抵扣的进项税额
借：管理费用 170
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出） 170
