由于分公司没有法人地位，不可以对我签订民事建筑合同，因此，实践中的总分公司之间的所有工程项目建设，都是以总公司的名义进行招投标的，建设方或甲方只认总公司而不认分公司，即在工程结算时，建设方或甲方只与总公司结算而不跟分公司结算。在总分公司体制下的工程项目如何进行核算，在实践中因分公司是否财务独立核算而不同。现分述如下：
（一）分公司财务独立核算下的工程项目会计核算
所谓分公司财务独立核算是指，工程项目的收入和成本都在分公司核算，分公司以分公司的名义建立会计账本进行成本和收入的核算，而不独立核算是指分公司以总公司的名义建立会计账本进行成本和收入的核算。分公司财务独立核算下的工程项目会计核算应按照以下办法处理：
分公司以工程项目的存续为生命周期，在账务上，与总公司的款项往来属于“内部往来”，分公司对项目的核算制度要求与总公司保持一致，每个会计期末，总公司需要将其纳入编制汇总财务报表。
案例分析：甲路桥工程有限公司系一家具有特级施工资质的总公司，于2012年1月与客户签订了一项总额为5000万元的公路施工承包合同，该工程全部由其分公司乙公司承建，该施工3月份已全面开工，计划在2013年9月完工，预计该工程的总成本为4500万元，2月份根据合同预收工程款300万元已如期到总公司的账，假设至2012年末工程实际发生成本2700万元，全部由总公司支付给其分公司乙的账上，总公司与建设方已结算工程价款1800万元，假设采用完工百分比法进行核算，该公司工程项目的会计核算处理如下：
1、总公司甲的会计核算
（1）收到预收工程款时的账务处理：
借：银行存款 300万
贷：预收账款 300万
（2）缴纳预收账款的营业税时：
借：应交税费——营业税 9万
贷：银行存款（或现金） 9万
（3）登记发生成本时：
借：内部往来——分公司乙（合同成本） 2700万
贷：银行存款 2700万
同时，
借：工程施工——合同成本 2700万
贷：内部往来——分公司乙（合同成本） 2700万
（4）年底确认收入时：
完工程度2700÷4500＝60%，收入为5000×60%＝3000万元，毛利为（5000－4500）×60%＝300万元。
借：主营业务成本 2700万
工程施工——合同毛利 300万
贷：主营业务收入 3000万
（5）提取收入的营业税金时：
借：营业税金及附加 90万
贷：应交税费——营业税 90万
（6）登记已结算工程款时：
借：预收账款 300万
应收账款 1500万
贷：工程结算 1800万
(7) 2013年9月完工，总公司与甲方结算工程款时
借：应收账款 3200万
贷：工程结算 3200万
（8）2013年收到结算款时
借：银行存款 4700万
贷：应收账款 3200万
应收账款 1500万
（9）工程结算与工程施工对冲结平时
借：工程结算 5000万
贷：工程施工——合同成本 4500万
——合同毛利 500万
2、分公司乙的会计核算
（1）收到总公司拨付的工程款时
借：银行存款 2700万
贷：内部往来——总公司（工程款） 2700万
（2）登记发生成本时：
借：内部往来——总公司（工程款） 2700万
贷：银行存款、原材料、应付职工薪酬、累计折旧等 2700万
当然，如果分公司要反映收入，则必须总公司与甲方必须商量好，甲方同意把工程款直接打入分公司账上，分公司以自己而不是总公司的名义与甲方结算并开具发票给甲方。但到年底，总公司还是要编制汇总财务报表，按照总分公司企业所得税预缴分配管理办法进行报税。
（二）分公司财务不独立核算下的工程项目会计核算
对于分公司财务不独立核算下的工程项目如何进行会计核算，很简单，总公司在各分公司所在地设立银行分账号，对分公司实行收支两条线，各分公司承建总公司招投标的项目，一律以总公司的名义建账，以总公司的名义进行会计核算，而且可以考虑全国各地分公司的财务人员，特别是财务负责人全部由总公司进行派遣，即实行分公司财务人员由总公司派遣制度。
（三）实行母子公司和总分公司非独立核算相结合的办法
由于子公司具有建筑资质承接工程项目的能力，所以子公司需要母公司的建筑资质进行招标的情况不是很经常发生，为了更好的进行工程结算，建议在子公司所在地再注册一个分公司，实行两块牌子，一套人马的制度。即母公司的子公司与母公司的分公司在一起办工，一套管理人员和工作人员，只是多了一套以母公司名义建立的账本，使财务人员累一点而已。凡是需要以母公司的建筑资质进行招标的工程项目，以财务非独立核算的分公司进行核算，即按照上面（二）项所谈的会计核算办法进行核算。（来自互联网）
