《财政部、国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》（财税〔2012〕38号）规定，试点纳税人应自执行本办法之日起，将期初库存农产品以及库存半成品、产成品（以下简称库存商品）耗用的农产品增值税进项税额作转出处理。这是因为试点纳税人在执行核定扣除前，期初存货所含进项税额已经在销项税额中得到抵扣或者作为进项税额留抵等待抵扣，所以新的核定办法实施后，必须将其转出，否则会造成进项税额重复抵扣。
例如，某农产品试点企业2012年6月购进农产品10000吨，采购成本3600万元，取得进项税额468万元。假设该农产品当月全部销售完毕，就没有库存。如果当月只销售农产品5000吨，至新的核定办法实施时，还库存农产品5000吨，由于试点期间实行进项税额核定扣除，如果不将已经计算过进项税额的试点期初库存农产品所含进项税额转出，就会造成进项税重复抵扣。那么，试点纳税人在执行财税〔2012〕38号文件过程中，如何计算期初库存商品的进项税额？是否将期初进项税额留抵全部转出？还是将期初库存商品账面成本乘以扣除税率计算转出？现结合案例作如下分析。
案例
某农产品加工企业主要从事食用油加工业务，主产品为食用植物油，副产品为饼粕（用于制造生化药品的药用原料），均为增值税应税产品。
2012年6月发生如下业务：
1.原料月初库存为零，本月购入原料10000吨。其中，购自贸易企业8000吨，采购成本5600万元，取得进项税额728万元（增值税专用发票），支付运费40万元；购自小规模纳税人2000吨，采购成本1580万元，取得普通发票。本月加工耗用原料8000吨，月末库存原料2000吨。
2.燃料、动力等机物料月初库存为零。本月购入燃料、动力等机物料成本300万元，取得进项税额51万元。本月耗用燃料、动力等机物料成本220万元，月末库存燃料、动力等机物料材料80万元。
3.食用油和饼粕月初库存为2500吨，商品成本1960万元。本月产出食用油、饼粕7680吨，生产成本5969.44万元。其中，除耗用主原料及燃料、动力等机物料外，还发生直接人工40万元，计提固定资产折旧100万元。本月销售食用油、饼粕6000吨，月末库存食用油、饼粕4180吨。
会计处理（单位：万元）
2012年6月
1.购自贸易企业、小规模纳税人的油料及运费
借：原材料——主原料（8000吨） 5600
应交税费——应交增值税（进项税额） 728
贷：银行存款 6328
借：原材料——主原料（运费） 37.20
应交税费——应交增值税（进项税额） 2.80
贷：银行存款 40
借：原材料——主原料（2000吨） 1374.60
应交税费——应交增值税（进项税额） 205.40
贷：银行存款 1580。
2.购入燃料、动力等机物料
借：原材料——燃料、动力等机物料 300
应交税费——应交增值税（进项税额） 51
贷：银行存款 351。
3.生产加工食用油、饼粕
产品成本＝[（5600＋1374.60＋37.20）÷10000×8000]＋220＋40＋100＝5969.44（万元）。
借：库存商品——产成品（食用油、饼粕7680吨） 5969.44
贷：生产成本——主原料（8000吨） 5609.44
——燃料、动力等机物料 220
——直接人工 40
制造费用（折旧费） 100。
2012年7月
1.财税〔2012〕38号文件规定，试点纳税人购进农产品不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额，购进除农产品以外的货物、应税劳务和应税服务，增值税进项税额仍按现行有关规定抵扣。根据规定，该企业2012年6月支付的运费40万元，应按现行规定抵扣进项税，不在试点期初库存原料进项税额的转出范围，在计算试点期初库存原料所含进项税额时，应根据其占农产品原料成本的比例予以剔除。
运费占原料整体成本的比例＝37.20÷（5600＋1374.60＋37.20）×100%＝0.53%。
同样，原料平均增值税扣除率的计算亦不包括运费进项税额在内。
平均增值税扣除率＝[（5600×13%）＋1374.6÷（1－13%）×13%]÷（5600＋1374.6）×100%＝13.38%。
试点期初库存原料不得抵扣的进项税额＝[（5600＋1374.60＋37.20）÷10000×2000] ×（1－0.53%）×13.38%＝186.64（万元）。
借：原材料——主原料 186.64
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）186.64。
2.根据规定，农产品以外的货物、应税劳务和应税服务，不属于试点进项税额的核定范围，试点期初库存的燃料、动力等机物料所含的进项税额不作转出处理。
3.试点期初库存半成品、产成品中除农产品耗用外，还有非农产品耗用，如燃料、动力等机物料及固定资产折旧的耗用，根据财税〔2012〕38号文件的规定，这类耗用也不属于试点进项税额的核定范围，计算试点期初库存半成品、产成品中不得抵扣的进项税额时，应按合理的方法，将此类进项税额予以剔除。
假设2012年6月初库存商品产成品的农产品耗用率为94.03%，平均农产品增值税扣除税率为13.67%；本月生产成本的农产品耗用率＝ [5609.44×（1－0.53%）÷5969.44]×100%＝93.47%，本月平均农产品增值税扣除税率为13.38%。则：
试点期初库存商品产成品成本＝[（1960＋5969.44）÷（2500＋7680）] ×（2500＋7680－6000）＝3255.90（万元）。
试点期初库存商品产成品不得抵扣的进项税额＝[（1960×94.03%×13.67%）＋（5969.44×93.47%×13.38%）] ÷（1960＋5969.44）×3255.90＝409.99（万元）
借：原材料——主原料 409.99
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出） 409.99。
注意事项
根据上述案例的分析，进项税核定扣除试点纳税人在计算试点期初库存商品所含进项税额时，应注意以下几个方面：
第一，试点期初库存商品所含进项税额的计算，不是简单地将留抵进项税额余额转出而已。因为，增值税进项税的抵扣是不分抵扣项目综合计算的，试点纳税人的留抵进项税额余额中，除含有农产品进项税额外，还含有除农产品以外的货物、应税劳务和应税服务的进项税额。财税〔2012〕38号文件规定，除农产品以外的增值税进项税额仍按现行有关规定抵扣。所以，留抵进项税额中，所含的非农产品进项税额不应作转出处理。另外，进项税额的抵扣额度及抵扣进度与试点期初库存商品的成本没有直接关系，只与依据商品销售收入计算的销项税额紧密相关，销项税额高，进项税抵扣就多，销项税额低，进项税抵扣就少。因此，留抵进项税额与试点期初库存商品的进项税额是不匹配的，不是试点期初库存商品所含进项税额的全部。
第二，应注重区别“农产品耗用”与“非农产品耗用”，财税〔2012〕38号文件主要针对农产品的耗用进行进项税额核定试点，非农产品耗用不在试点范围。比如，原料中单独支付的运费、入库前的整理费用，半成品、产成品中的燃料、动力等机物料及固定资产折旧的耗用，直接人工等非物料消耗，这些耗用都属非农产品耗用，在计算试点期初库存商品所含进项税额时，应按合理的方法在商品成本中予以剔除，不能直接将试点期初库存商品账面成本乘以相关扣除税率来计算库存商品所含的进项税额。
第三，进项税额的取得是多样的，有的来源于一般纳税人，有的来源于小规模纳税人或农业生产者，进项税额的计算方法是不同的。不论用哪种单一的方法计算试点期初库存商品的进项税额，都是不准确的，应该按合理的方法计算出平均扣除税率，相对来说最准确。（来自互联网）
