对于企业资产重组中涉及的增值税问题，国家税务总局在2011年下发了《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年13号，以下简称13号公告），明确：纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。
13号公告只是解决了企业在资产重组过程中，涉及到货物的转让环节的增值税处理问题。对于资产重组过程中，如果原企业存在增值税留抵税额如何进行处理，13号公告并没有明确，这就导致了在税收实践中存在一定争议。
对于这个问题，国家税务总局今年下发了《国家税务总局关于纳税人资产重组增值税留抵税额处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年55号，以下简称55号公告）。该公告规定：增值税一般纳税人（以下称“原纳税人”）在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人（以下称“新纳税人”），并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。
对于55号公告的规定，我们需要关注以下三个方面问题：
第一：55号公告规定的增值税留抵税额结转抵扣的适用条件。虽然55号公告规定了资产重组中原增值税纳税人的留抵税额可以结转抵扣，但是这种结转抵扣需要同时满足以下四个条件：第一个条件是资产重组中的原纳税人必须是增值税一般纳税人，这个是理应具备的条件。因为，如果是小规模纳税人不会涉及留抵税额问题。第二个条件是资产重组中，新纳税人也必须是增值税一般纳税人，这个也是留抵税额能够结转抵扣的必要条件。以上两个条件比较好理解。第三个条件是原增值税一般纳税人在资产重组中，必须是将全部而不能仅仅是部分资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人，这一点非常重要。因为13号公告规定的企业资产重组中规定的货物转让不征收增值税，既涉及到全部资产、负债和劳动力一并转让，也涉及到部分资产、负债和劳动力一并转让。而55号公告中能够实现原增值税一般纳税人留抵税额结转抵扣的情况必须是全部资产、负债和劳动力一并转让。但是，满足以上三个条件还不足以实现资产重组中增值税留抵税额的结转抵扣，55号公告规定的第四个条件是，原增值税一般纳税人在将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人后，必须要按程序办理注销税务登记的，只有在申请办理注销税务登记时，才能在注销前将尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。我们需要注意，纳税人在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他纳税人后，原纳税人既可以注销，也可以不注销。如果纳税人在将部资产、负债和劳动力一并转让给其他纳税人后，办理税务和工商注销手续，实际上属于资产重组中的企业合并形式。如果纳税人在将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他纳税人后不注销，资格仍然保留，实际属于资产重组中的整体资产转让形式。而55号公告规定要求原增值税纳税人留抵税额能结转抵扣，必须要在将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人（以下称“新纳税人”），并按程序办理注销税务登记，实际上是明确了只有在13号公告资产重组的企业合并这种形式，才能获得增值税留抵税额的结转抵扣。
第二，不同企业合并形式中的增值税留抵税额的处理。通过第一个问题的分析我们基本明确，实际上55号公告中规定的企业资产重组中的增值税留抵税额结转抵扣的情况指的是企业合并中的问题。但是根据《公司法》第一百七十三条规定，公司合并实际包括两种情形：吸收合并和新设合并。一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。例如A公司合并B公司，B公司解散，属于吸收合并。如果A公司和B公司合并后都解散，同时并入新成立的公司C，属于新设合并。对照55号公告的规定，是否这两种形式的合并都能适用55号公告的增值税留底税额结转抵扣的情形呢，我们需要详细进行分析。吸收合并的情形比较好把握。假设A公司吸收合并B公司，B公司全部资产、负债和劳动力一并转让给A公司后，解散注销。此时，只要A公司和B公司都是增值税一般纳税人，就可以符合55号文规定的条件。在新设合并中，假设A公司和B公司合并后解散，成立新公司C，此时能否适用55号公告规定呢？从55号公告的规定来看，应该没有否定这种情况的适用。只不过在新设合并中，“原纳税人”从一个企业变为两个（或多个）企业，这里假设是A和B.“新纳税人”指的是新设合并中新成立的企业，这里假设是C.要符合55号文规定的条件，新设公司C首先必须是一般纳税人，这个在制度上没有障碍。因为，根据《增值税一般纳税人资格认定管理办法》（国家税务总局令第22号）第四条规定，新开业的纳税人，可以向主管税务机关申请一般纳税人资格认定。但是，在具体的实务中，重组各方应提前谋划，把握好当地国税机关对于新开业企业一般纳税人的认定条件和申请程序，防止新设企业因无法认定为一般纳税人而丧失留抵税额结转抵扣的待遇。新设合并中，第二个条件可能存在争议，需要企业提前关注。从我们通常理解，在新设合并中，只要原被合并方中有一个是增值税一般纳税人（即不需要原被合并方全部是增值税一般纳税人），且新设公司也是增值税一般纳税人，原被合并方中增值税一般纳税人的留抵税额就应该能结转到新设公司继续抵扣。比如，A公司和B公司合并后解散，成立新公司C.如果A公司是增值税一般纳税人，但B公司只是小规模纳税人，如果C公司一设立就被认定为一般纳税人，那A公司的留抵税额能否结转到C公司继续抵扣呢？从道理上分析应该是可以的。但是根据55号公告的字面规定，似乎要求“原纳税人”必须是增值税一般纳税人才可以适用。因此，如果在新设合并中，原被合并方中有小规模纳税人，企业需要关注这种政策风险，提前咨询当地税务机关的政策把握尺度。如果当地税务机关不认可，企业就需要提前谋划。如果仅仅是两个企业的新设合并，则只能走吸收合并的方式，用增值税一般纳税人吸收合并小规模纳税人。如果涉及多个企业的新设合并，则可以分两步走，先将增值税一般纳税人新设合并，然后用新设企业吸收合并小规模纳税人。
第三，增值税留底税额结转抵扣的程序。根据55号公告的规定，为实现资产重组中，原纳税人留抵税额顺利结转到新纳税人处继续抵扣，原纳税人主管税务机关应认真核查纳税人资产重组相关资料，核实原纳税人在办理注销税务登记前尚未抵扣的进项税额，填写《增值税一般纳税人资产重组进项留抵税额转移单》（一式三份），原纳税人主管税务机关留存一份，交纳税人一份，传递新纳税人主管税务机关一份。新纳税人主管税务机关应将原纳税人主管税务机关传递来的《增值税一般纳税人资产重组进项留抵税额转移单》与纳税人报送资料进行认真核对，对原纳税人尚未抵扣的进项税额，在确认无误后，允许新纳税人继续申报抵扣。特别是在新设合并中，企业必须要提前谋划好相关程序。在原被合并企业税务登记注销前，企业可能需要先将新设公司的税务登记和一般纳税人认定手续办理好，否则会影响到《增值税一般纳税人资产重组进项留抵税额转移单》的开具，这一点纳税人要和涉及的税务机关事先咨询好。
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